工程地质与应用地球物理研究室研究生是由中科院研究生院和中科院地质与地球物理所共同培养，2000年12月国务院学位委员会和教育部批准建立中国科学院研究生院，同意将中国科学院研究生院作为单独设置的学位授予单位，我室研究生从2001年9月起正式实施由中国科学院研究生院统一招生、统一教育管理、统一授予学位。我室研究生培养分为两个阶段：基础理论知识学习阶段；专业知识学习和实践阶段。基础理论知识学习阶段由中科院研究生院培养，专业知识学习和实践阶段由中科院地质与地球物理所培养。硕士研究生基础理论知识学习阶段时间为一年，专业知识学习和实践阶段时间为两年；博研究生基础理论知识学习阶段时间为半年，专业知识学习和实践阶段时间为两年半。基础理论知识学习阶段主要在中科院研究生院完成，此阶段应修完学位要求的学分，并有少量的专业基础实习；专业知识学习和实践阶段主要在中科院地质与地球物理研究所完成，此阶段研究生应完成专业知识的学习，结合导师和研究室的科研项目，完成专业实践，要培养成严谨务实的独立科研能力。达到申请学位的要求后，方可向中科院研究生院申请学位，最后由中科院研究生院授予学位。